Снижение объема стока и падение скорости течения приводят к быстрому прогреву водной толщи. Высокая температура напрямую снижает растворимость кислорода, вызывая придонную гипоксию, особенно опасную в ночные часы. Застойные явления и рост концентрации биогенных элементов (фосфора и азота) стимулируют вспышки «цветения» воды — бурное развитие цианобактерий и нитчатых водорослей. Из-за поступления неизменного количества органических загрязнителей развиваются токсичные сине-зеленые водоросли. В процессе их отмирания выделяются токсины, а гниение полностью поглощает остатки кислорода. Река теряет способность к самоочистке и возрастает опасность переноса патогенной микрофлоры и вирусов. Так оценивает экологические последствия маловодности Днестра эколог, директор Eco-TIRAS Илья Тромбицкий на своей странице в Facebook.
Помимо этого, иссушение пойменных лугов, мелководных заливов и прибрежной растительности лишает некоторые виды рыб (сазан, лещ, щука, плотва и др.) условий для размножения. Колебания уровня воды в реке приводит к осушению отложенной икры, изоляции на отмелях и гибели молодняка.
Нарушенные участки русла реки становятся уязвимы для агрессивных инвазивных видов (например, бычков-кругляков, некоторых видов моллюсков и ракообразных), которые окончательно вытесняют аборигенные виды фауны Днестра.
В нижнем течении Днестра дефицит воды приводит к пересыханию пойменных озер и плавней. Это разрушает ключевые места гнездования, отдыха и кормежки водоплавающих птиц.
Снижение уреза воды в реке влечет за собой понижение уровня подземных вод в пойме, что вызывает усыхание пойменных лесов, лугов и деградацию прибрежной растительности.
